Nació en Múnich, Alemania, en el año 1942. Su infancia la vivió en un pueblo de montaña, en pleno contacto con la naturaleza. Creció aislado de las nuevas comunicaciones y entretenimientos, ajeno a la radio, teléfono y el cine. A los quince años emprendió importantes viajes que le permitieron recorrer Europa. Pocos años después inicia sus experiencias en el cine.
Realizó diversos oficios al mismo tiempo que estudiaba, para solventar la producción de sus películas. Realizó estudios de historia, literatura y teatro.
Hacia 1960 obtuvo la beca Fulbright para cursar el Seminario de cine de la Universidad de Duquesne, en Pittsburgh (Estados Unidos). Más allá de seminarios universitarios de cine, nunca realizó estudios formales de cine; su formación fue completamente autodidacta.
En 1962, fundó su productora de cine, Herzogfilmproduktionen. Al año siguiente inició el rodaje de su primer cortometraje, Herakles, al que seguirían Juego en la arena (1964), Últimas palabras (1967) y La Incomparable Defensa de la Fortaleza Deutschkreutz (1967)
Tras esta primera edtapa de formación con la experiencia del cortometraje, emprendió la realización de su primer largometraje, Lebenszeichen (Señales de vida).
A partir de aquí Herzog inició una carrera singular, que ha combinado la filmación de largometrajes, documentales, dirección de ópera, actuación y redacción de guiones.
Herzog y sus obras han ganado numerosos premios a lo largo de su carrera. El más importante es, sin duda, el premio al mejor director por Fitzcarraldo en el Festival de Cine de Cannes de 1982.
Werner Herzog es, ante todo, un aventurero. Su grandeza como cineasta sólo se ve opacada por su irreductible espíritu de aceptador de desafíos, si tal expresión fuese posible. Las casualidades geográficas lo hicieron nacer en Alemania, pero el Destino no tardó en convertirlo en un verdadero hombre de mundo, recorriendo continentes con su cámara figurativamente al hombro. Pero esa no es ninguna hazaña. Al menos, es sólo un detalle al observar la amplitud estilística y temática de su cine, construido a partir de una certeza existencial: el lugar en el que hay que estar es dondequiera que haya una historia por contar. Borrando película a película el límite entre la ficción y el documental, Herzog logró construir una filmografía signada por antihéroes en cruzadas quijotescas y una recurrente vuelta a la naturaleza, la que puede presentarse como simple marco de contención o como antagonista cruel y absoluta de los designios humanos. El paisaje exterior como duro reflejo del interior, la civilización y su constante decadencia, las grandes preguntas y la inutilidad de algunas respuestas: Herzog lo hizo, estuvo ahí y seguirá estando. O acaso puede haber mejor ejemplo que el deLa cueva de los sueños olvidados, en donde el gran cineasta elige inmiscuirse física, metafórica y metafísicamente en nuestro pasado como raza. Desde la concepción primigenia del Ushuaia Shhh, Herzog ha sido una obsesión, alguien que tenía que estar presente en nuestro Festival. Y aquí está, de manera intensa, invitándonos a indagar en la relación entre nosotros y esos paisajes que terminan de definirnos. Perderse estas películas es perderse algo importante. Conviene no hacerlo.